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复杂科学管理的理论基于如下认识：
（1）社会层面上的复杂系统是具有思维能力的人介入其中的复杂系统。
（2）该类复杂系统中的某些个体具有随机性、不确定性和非线性；个体之间相互影响、不断进化；系统本身及其组成部分受环境影响，即随环境的变化而变化；反过来，系统又影响环境。
（3）该类复杂系统具有多层次结构，每个层次的经济利益通常并不一致，需要协调。
（4）该类复杂系统的组成成分中具有智能，即其组成部分中含有专家的经验、智慧、思维。
（5）该类复杂系统具有自组织性、自适应性和动态性。
自组织是指系统中许多独立的个体在没有任何人为的策划、组织、控制下，进行的相互作用、相互影响、自然演化的过程。自适应性是指复杂系统应对变化的环境所进行的自我调整，包括制定的法律、法规、规章制度等等。在自我调整中，不是被动地对所发生的事件做出反应，而是积极地试图将所发生的一切都转化为对自身有利的东西。动态性表现在：系统包含关联性、关系以及互动模式；系统总是处在发生、发展、老化的过程中；系统整体特性也会突然发生改变，这种改变有外力的作用，也有系统中部分与整体的作用，且系统中某一个微小因素的微小变化都有可能导致另一系统或整体惊人的变化。
由于思维模式决定了管理的成效，所以，我们很注重管理的思维模式。复杂科学管理的思维模式是系统思维。它是将科学与艺术融合的一种新思维，包括：研究复杂问题的思考方式——系统思考；观察复杂问题的角度——从环状看因果；分析复杂问题的思维过程——结构化、模块化思维。研究复杂问题的思维方法——融逻辑思维与形象思维于一体的视觉思考。系统思维的思考方式是一种以整体观为核心，把系统中的各种机能和才干等资源整合在一起，使系统成为有竞争力的系统思考。其间，整合、搭配是非常重要的，整合、搭配不同，结果将会大不一样。系统思维观察问题的角度是一种从环状看因果的新视野，新视野是在观察一连串的变化过程时，是看因果的互动关系，不是只看因果关系。即从一个更大的循环看因果互动关系，而不是单向看因果关系。系统思维的思维过程是一种结构化、模块化思维。从整体的视角，将系统中的各组成部件描述成若干个模块，找出因果互动关系，辨认哪些重要、哪些不重要；哪些事情应关注，哪些事情不必太重视，最后达到整合搭配的最佳平衡点。
系统思维的思维模式是一种融逻辑思维与形象思维于一体的视觉思考。视觉思考是通过绘制探索图、循环图、结构图等思维图来实现的。
系统思维是以整体观为核心，环状看因果，通过系统思考、结构化思维，整合系统内外资源，使系统具有竞争力。系统思维帮助我们从整体出发分析问题，使我们清晰地知道，我们所在的系统（或者是一个区域；或者是一个公司；或者是一个学校……等等）有哪些资源，如何进行资源整合，改变整个系统的产出，使系统既获得经济增长，又能协调、和谐，可持续发展。系统思维还可充分发挥集体智慧、人们的想象力，创造性地去做大家认为是不可能的、甚至是胡思乱想的事情。
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